La LSDH est affiliée à la Fédération internationale pour les droits humains (FIDH).
La LSDH-Genève est par ailleurs membre de différents collectifs, dont la Coordination Asile, le Collectif de soutien aux sans-papiers, la plateforme nationale des ONG, la Nouvelle association du Courrier (NAC) et la Coordination genevoise pour le droit de manifester (CGDM).
La LSDH-Genève collabore en outre régulièrement avec de nombreuses associations actives dans la promotion et la protection des droits humains, comme l’Organisation mondiale contre la torture (OMCT), l’Association pour la prévention de la torture (APT), Amnesty International (AI), le Global Detention Project, Solidarité Tattes, Asile LGBTIQ+ ou le Carrefour de réflexion et d’action contre le racisme anti-Noir (CRAN), pour ne citer qu’elles. Elle collabore également ponctuellement avec l’Association des juristes progressistes (AJP et AJP-Uni) et l’Ordre des avocats (ODA).
A la faveur d’événements qu’elle organise dans le cadre du travail de sensibilisation qu’elle mène, elle développe ponctuellement des partenariats avec des acteurs académiques (notamment l’Université de Genève, lors de la Semaine des droits humains et aussi la Faculté de droit ou la Haute école de travail social de Genève – HETS) ainsi qu’avec des actrices et acteurs culturels (notamment le Théâtre Saint-Gervais, le Festival du film et forum international sur les droits humains de Genève – FIFDH, le Théâtre du Grütli, la Compagnie des Ombres, le festival La Fureur de Lire, Jérôme Richer, Gabriella Zalapì…).
Dans le cadre de son action de plaidoyer, la LSDH-Genève a enfin noué des contacts réguliers avec les mécanismes de contrôle tant nationaux, qu’européens et internationaux, à l’instar de la Commission nationale de prévention de la torture (CNPT), du Comité européen pour la prévention de la torture (CPT) et des organes des traités des Nations Unies, qu’elle renseigne et alerte sur les manquements qui ressortent de son travail de terrain.